Emmanuel de La Villéon nació el 29 de mayo de 1858 en Fougères, Bretaña, en el seno de una antigua familia noble bretona. Su padre, el conde Arthur de La Villéon, y su madre, Sidonie de la Hubaudière, le proporcionaron una educación en la que la literatura, la poesía y el dibujo jugaron un papel importante. A pesar de las expectativas tradicionales dentro de su familia, Emmanuel eligió una carrera artística.

En 1880 se trasladó a París y se matriculó en la Academia Julian, donde tuvo como profesores a Alfred Roll y Pierre Emmanuel Eugène Damoye. Inicialmente pintó en el estilo de la Escuela de Barbizon, pero más tarde desarrolló una preferencia por el impresionismo, influenciado por artistas como Claude Monet, Paul Cézanne y Vincent van Gogh. ​

La Villéon era un ávido viajero y encontró inspiración en diversos paisajes. Realizó estancias regulares en Bretaña, Normandía, Suiza y el departamento del Cher, donde realizó numerosos bocetos y pinturas. Su primer viaje al extranjero lo llevó a los Países Bajos en 1889, donde quedó fascinado por la luz especial. ​

En 1892 se casó con Thérèse de Baudreuil, que provenía de una familia de músicos. Compartió su amor por la música clásica, y especialmente por Mozart, con su esposa. A menudo escuchaba la música de Mozart mientras pintaba y una vez dijo: "Mozart es mi pintura". ​

Su obra se expuso regularmente en prestigiosos salones como el Salón de los Independientes, el Salón Nacional de Bellas Artes y el Salón de Otoño. En 1918, nueve de sus grandes cuadros se exhibieron en Estados Unidos y su obra también se mostró en Canadá, Copenhague y Japón. El gobierno francés compró tres de sus cuadros, lo que demuestra el reconocimiento del que gozaba. ​

De 1900 a 1936, De La Villéon vivió en Salvar, en la región de Puisaye. Aproximadamente el 30% de su obra consiste en pinturas del paisaje de esta región. Su amor por la naturaleza y la vida rural es evidente en su obra, que captura la armonía y la serenidad de la Francia rural. ​

Emmanuel de La Villéon murió de neumonía el 10 de enero de 1944 en París y fue enterrado en el cementerio de Montparnasse. En honor a su legado, se fundó en su ciudad natal, Fougères, el Museo Emmanuel-de-la-Villéon, donde se exhibe una amplia colección de sus obras. ​