Van Baarsel nació el 15 de noviembre de 1761 en Utrecht. Su padre era Cornelis van Baarsel Sr., un tendero de Utrecht. Cuando era joven, Van Baarsel se mudó con su familia a Ámsterdam, donde su padre abrió una tienda de comestibles. Allí, el joven Cornelis también se formó como tendero, pero se sintió fuera de lugar y no pudo usar su creatividad. Para encontrar su verdadera vocación, Van Baarsel ha tenido varios trabajos diferentes. Ha trabajado en una tienda de telas y en una droguería. Sin embargo, debido a que siempre estaba dibujando y no prestaba atención a la tienda, Van Baarsel fue despedido por sus dos empleadores. Luego pasó varios años en el mar antes de dedicarse por completo al dibujo.
Después del tiempo de Van Baarsel en el mar, regresó a Ámsterdam y se casó con su novia de la infancia, Dorothea Veelwaard. En 1791 tuvieron un hijo, Willem Cornelis van Baarsel. Su esposa Dorothea estaba relacionada con el conocido grabador Daniel Veelwaard. Su familia reconoció su talento y lo instó a volver a capacitarse como grabador. Luego, en 1789 comenzó a trabajar como grabador independiente y se especializó principalmente en el grabado de mapas. Su estudio probablemente estaba ubicado en Haarlemmerdijk.
Bajo el reinado del rey Lodewijk, Van Baarsel fue nombrado primer grabador en el Depósito General de la Guerra en Ámsterdam y luego en La Haya. Después de la partida del rey Lodewijk alrededor de 1810, Van Baarsel se fue a París para trabajar como grabador en el depósito de guerra allí. En 1815 regresó a Amsterdam para trabajar como grabador para particulares.
Van Baarsel formó a su hijo Willem Cornelis van Baarsel como grabador y, a partir de 1817, la obra del estudio de Van Baarsel recibió la firma 'C. van Baarsel & Son.’ Después de la muerte de su padre en 1826, Willem Cornelis continuó su estudio bajo el nombre de W. C. Van Baarsel. Además de su hijo, Van Baarsel también trabajó regularmente con Cornelis Covens e hijos, y P. N. Tuyn.
